특검 수사와 관련, 종교계의 반발이 나왔다. 사단법인 한국종교협의회와 20여 종교단체 종교인 120여명이 10일 서울 종협에서 ‘종교 자유 수호를 위한 초종교 기도회’를 열었다. 종교협의회는 특별검사팀의 특정 종교단체 수사가 종교의 자유와 가치를 부당하게 훼손할 우려가 있다고 지적했다.이들은 공동 성명과 탄원서를 내 “헌법상 보장된 종교의 자유와 가치에 대한 훼손을 즉각 중단하라”고 촉구했다. 특검의 여의도순복음교회, 극동방송, 세계평화통일가정연합 수사에 유감을 표했다. 특히 통일교 수사 과정에서 신도 명단 등 내밀한