감사원이 국세청의 정기 세무조사 대상 선정, 부채 사후관리, 특수관계인 간 거래에 대한 증여추정 검토, 사무장병원 관련 부가가치세 과세 관리 등 핵심 세정 분야 전반에서 다수의 관리 부실을 적발하고 총 23건의 개선 조치를 요구했다.감사원은 2025년 연간 감사계획에 따라 지난해 5~6월 국세청 본청을 대상으로 정기감사를 실시했으며 그 결과 주의 11건, 통보 12건 등 조치가 내려졌다.이번 감사는 최근 지속되는 세수 감소 흐름 속에서 세무조사 및 세원관리의 실효성을 점검하기 위한 취지에서 진행됐다. 실제